近日，实验室在Briefings In Bioinformatics上合作发表了题为“Prioritizing prognostic-associated subpopulations and individualized recurrence risk signatures from single-cell transcriptomes of colorectal cancer”的最新研究成果。
团队开发了一种新的分析框架scRankXMBD（图1），将单细胞转录组和转录组中的临床信息整合起来，帮助识别结直肠癌预后相关的细胞亚群。该框架利用单细胞转录组技术鉴定细胞亚群，筛选出具有亚型特异性的基因秩序关系，然后利用转录组中的临床信息评估细胞亚群的预后价值，从而揭示与预后相关的细胞亚群。利用scRankXMBD，研究人员回顾性地发现了具有IGLC2阳性的B细胞亚群的预后价值，并首次确定了DNASE1L3阳性的巨噬细胞与结直肠癌患者的预后高度相关。这些发现揭示了结直肠癌之前尚未发现的关键细胞亚群。scRankXMBD为传统的单细胞转录组数据分析带来了新的研究角度，并为下游的细胞生物学验证提供了参考。
该工作由厦门大学医学院、健康医疗大数据国家研究院博士生林育祥、厦门大学生命科学学院本科生宋金生完成主要研究工作。厦门大学生命科学学院黄佳良教授，厦门大学信息学院俞容山教授，厦门大学生命科学学院童梦莎助理教授，为文章共同通讯作者。
