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实验室合作发表Briefings in Bioinformatics文章

2023年05月15日 16:04  点击:[]

近日,实验室在Briefings In Bioinformatics上合作发表了题为“Prioritizing prognostic-associated subpopulations and individualized recurrence risk signatures from single-cell transcriptomes of colorectal cancer”的最新研究成果。


团队开发了一种新的分析框架scRankXMBD(图1),将单细胞转录组和转录组中的临床信息整合起来,帮助识别结直肠癌预后相关的细胞亚群。该框架利用单细胞转录组技术鉴定细胞亚群,筛选出具有亚型特异性的基因秩序关系,然后利用转录组中的临床信息评估细胞亚群的预后价值,从而揭示与预后相关的细胞亚群。利用scRankXMBD,研究人员回顾性地发现了具有IGLC2阳性的B细胞亚群的预后价值,并首次确定了DNASE1L3阳性的巨噬细胞与结直肠癌患者的预后高度相关。这些发现揭示了结直肠癌之前尚未发现的关键细胞亚群。scRankXMBD为传统的单细胞转录组数据分析带来了新的研究角度,并为下游的细胞生物学验证提供了参考。


该工作由厦门大学医学院、健康医疗大数据国家研究院博士生林育祥、厦门大学生命科学学院本科生宋金生完成主要研究工作厦门大学生命科学学院黄佳良教授,厦门大学信息学院俞容山教授,厦门大学生命科学学院童梦莎助理教授,为文章共同通讯作者。



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